Witam, użytkownikom nowo zarejestrowanym jest wysyłany email aktywacyjny konto, niestety jest on mało estetyczny (nieczytelny, kody html nie są dostępne etc),,, W jakim miejscu to poprawic lub poprawnie skonfigurować HTML?

Pozdrawiam

Cała wiadomość powitalna znajduje się w tłumaczeniu sekcji: welcomemail

Najłatwiej przejść w nią poprzez:
PA-Ustawienia-Opcje-Ustawienia rejestracji użytkowników-Wyślij powitalny E-Mail i tam masz link: [Treść E-Maila]

Nie miałem na myśli wiadomości "powitalnej", a aktywacyjną, tą w której jest zapodany link do zaaktualizowania własnego nowo założonego konta

Również szukasz sobie we frazach spolszczeń i odpowiednio dopasowujesz.