Chciałbym wyczyścić baze SQL z zbędnych elementów starych modów itp. Żeby wyglądała ja standardowa baza vb tylko z cała zawartością jest taka opcja w vb?

Po prostu odinstaluj wszystkie mody. O ile nie trafił ci sie jakiś badziewny z zepsutym uninstallerem czy coś, to powinno zadziałać.